El HYFUSEN fue creado en el año 2005 por el Instituto de Energía y Desarrollo Sustentable (IEDS) con el objeto de impulsar el desarrollo nacional y la integración regional en sistemas energéticos basados en el uso del hidrógeno y fuentes sustentables de energía. Su primera edición se realizó en la Ciudad de San Carlos de Bariloche, reuniendo a más de 250 participantes.
La segunda edición, HYFUSEN 2007, incorporó la participación de los países de la región y de la Península Ibérica, ampliando su temática al área de los biocombustibles y a innovadoras propuestas educativas en el campo de la energía. Incluyó en su organización el dictado de cursos durante la jornada previa al inicio del congreso. Se llevó a cabo en la Ciudad de Posadas, provincia de Misiones, junto a la organización local del Comité Ejecutivo de Desarrollo e Innovación Tecnológica (CEDIT).
La tercera edición, HYFUSEN 2009, se realizó en la ciudad de San Juan entre los días 8 y 12 de junio, y, al igual que en las anteriores ediciones, incluyó conferencias, presentaciones de posters, paneles de debate y un concurso de becas para estudiantes universitarios avanzados y jóvenes graduados. Se dictó, además, un curso para periodismo científico en el campo de la energía
La cuarta edición, HYFUSEN 2011, mantiene el mismo esquema de presentaciones científicas, tecnológicas y educativas, y el dictado de cursos de introducción durante la jornada previa al inicio del congreso. Se realizará en la ciudad de Mar del Plata, entre los días 6 y 9 de junio, y, al igual que en las anteriores ediciones, incluirá conferencias, presentaciones de posters, paneles de debate y un concurso de becas para estudiantes universitarios avanzados y jóvenes graduados.